Przewidywanie przeżycia chłoniaka grudkowego na podstawie cech molekularnych komórek odpornościowych infiltrujących nowotwór cd

Stworzenie modelu wielowymiarowego opartego na ekspresji genów przedstawiono na rysunku 1A. W skrócie, próbki biopsyjne podzielono na zestaw treningowy (95 próbek) i zestaw testowy (96 próbek), które były zrównoważone w odniesieniu do instytucji i długości przeżycia. Wszystkie aspekty rozwoju modelu i wszystkie testy związku między ekspresją genów a przeżyciem opierały się wyłącznie na danych z zestawu treningowego. Nie przeprowadzono wcześniej analizy przeżycia ani analizy podgrup z zestawem testowym. Model Cox został użyty do identyfikacji genów związanych z przeżyciem w zbiorze treningowym. Geny związane z dobrym rokowaniem i te związane ze złym rokowaniem zostały zorganizowane oddzielnie przez hierarchiczne grupowanie, 18 i geny, które miały skorelowane wzorce ekspresji (r> 0,5) zostały zgrupowane w sygnatury ekspresji genów. Poziomy ekspresji genów w sygnaturze zostały uśrednione w celu stworzenia średniej sygnatury dla każdej próbki biopsyjnej. Dwie sygnatury, określane jako odpowiedź immunologiczna 1 i odpowiedź immunologiczna 2 , zostały użyte do stworzenia modelu w zbiorze treningowym, w którym każdemu pacjentowi przypisano ocenę prognostyczną przeżycia. Punktacja została obliczona w następujący sposób: (2,71 × średnia odpowiedź z odpowiedzi 2-znakowej) – (2,36-krotna średnia odpowiedzi immunologiczna). Wysoka ocena predykcji przeżycia była związana ze słabym wynikiem. Model ten następnie oceniano pod kątem jego związku z przeżyciem w zestawie testowym.
Wyniki
Konstrukcja predyktora przeżycia na podstawie ekspresji genów
Aby opracować oparty na ekspresji genu model przeżycia w chłoniaku grudkowym, opracowaliśmy metodę analityczną, zwaną analizą analizy przeżycia, która jest modyfikacją metody poprzednio używanej do stworzenia molekularnego predyktora przeżycia u pacjentów z rozlanym, dużym B, chłoniak komórkowy.19. Metoda została podsumowana na rycinie 1A. Jego kluczową cechą jest identyfikacja sygnatur ekspresji genów, które są zestawami genów ulegających skoordynowanej ekspresji, które mogą odzwierciedlać komórkę pochodzenia nowotworu, naturę niezłośliwych komórek w próbce biopsyjnej i mechanizmy onkogenne odpowiedzialne za raka. 20 Analiza podpisu przeżycia rozpoczyna się od identyfikacji genów mających wzory ekspresji, które są statystycznie powiązane z przeżyciem. Algorytmy hierarchicznego klastrowania są następnie wykorzystywane do identyfikacji podzbiorów tych genów z wzorami ekspresji, które są skorelowane z próbkami raka: te podzbiory są operacyjnie definiowane jako sygnatury związane z przeżyciem. Oceniając ograniczoną liczbę sygnatur związanych z przeżyciem, staraliśmy się złagodzić problem wielokrotnych porównań, który jest nieodłącznie związany z użyciem dużych zbiorów danych ekspresji genów, aby stworzyć statystyczne modele przetrwania.
Przeprowadzono profilowanie ekspresji genów w skali genetycznej próbek pobranych z biopsji guza uzyskanych od 191 pacjentów z nieleczonym chłoniakiem grudkowym. Całkowite przeżycie tej kohorty przedstawiono na rycinie 1B. Aby stworzyć model przeżycia oparty na ekspresji genów, podzieliliśmy próbki na zestaw treningowy, który wykorzystano do opracowania modelu, oraz zestaw testowy, który został użyty do oceny jego odtwarzalności. W ramach zestawu treningowego wykorzystano model proporcjonalnych hazardów Coxa do identyfikacji genów predykcyjnych przeżycia z poziomami ekspresji związanymi z długim przeżyciem (geny dobrej prognozy) lub krótkim przeżyciem (geny słabej prognozy)
[patrz też: dyskopatia objawy, olx orzysz, codzienność w niepłodności ]
[hasła pokrewne: dda objawy, depresja maniakalna, olx orzysz ]